Stefanas Wyszynskis gimė 1901 m. Palenkės regiono pietinėje dalyje, prie Bugo upės, ten, kur kitados ėjo Lenkijos ir Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės siena. Galbūt dėl to, kaip teigia kardinolo biografai, jo tėvas buvo karštas Čenstakavos Marijos garbintojas, o motina – Aušros Vartų Marijos. Vidurio Lenkijos Vloclaveko mieste baigęs katalikišką gimnaziją, būsimasis kardinolas įstojo į tenykštę kunigų seminariją. 1924 m. jam buvo suteikti kunigystės šventimai; primicijų Mišias aukojo Čenstakavos šventovėje.
Iš karto po šventimų jaunasis kunigas buvo pasiųstas tęsti studijų Liublino katalikų universitete. 1929 m. apsigynė daktaro disertaciją apie Bažnyčios teisę turėti savo mokyklas. Gavęs stipendiją, išvyko dalyvauti trumpuose kursuose Austrijoje, Italijoje, Prancūzijoje, Belgijoje, Olandijoje ir Vokietijoje. Galiausiai parvykęs į Vloclaveko vyskupiją buvo paskirtas kunigų seminarijos dėstytoju, taip pat skaitė paskaitas darbininkų vakariniame universitete, buvo profesinių sąjungų kapelionas, rašė spaudoje. Karo metais kunigas S. Wyszynkis buvo sesers Różos Czackos įkurtos vienuolijos, globojančios neregius vaikus, kapelionas. Po karo sugrįžo į Vloclaveką, buvo paskirtas atkurtos kunigų seminarijos rektoriumi.
1946 m. popiežius Pijus XII kunigą Stefaną Wyszynskį paskyrė Liublino vyskupu. Po trejų tarnystės metų Liubline, dar tik 47 metų vyskupas S. Wyszynskis buvo paskirtas Varšuvos ir Gniezno arkivyskupu bei Lenkijos primu.
Jo vadovavimo pagrindinėms Lenkijos Bažnyčios vyskupijoms pradžia sutapo su sparčiai blogėjančia politine padėtimi. Suklastoję rinkimus, 1947 m. komunistai perėmė visą valdžią Lenkijoje. Susidorojusi su politine opozicija ir su antikomunistiniu pogrindžiu, komunistų valdžia pradėjo sistemingą kovą su didelį autoritetą turinčia Bažnyčia. Kardinolas S. Wyszynskis buvo suimtas ir trejus metus laikomas keliose internavimo vietose. Išėjęs į laisvę, 1957 m. jis paskelbė pasirengimo Lenkijos krikšto tūkstantmečiui noveną, kurią vainikavo 1966 m. švęstas didysis jubiliejus. 1962–1965 m. jis taip pat dalyvavo visose Vatikano II Susirinkimo sesijose. 1978 m. buvo vienas kardinolų, popiežiumi išrinkusių Krokuvos arkivyskupą Karolį Wojtylą. Kardinolas Stefanas Wyszynskis mirė 1981 m.